Dalam upaya meningkatkan kualitas kehidupan beragama, kerukunan umat, pendidikan agama, serta penyelenggaraan ibadah haji dan umrah di Kabupaten Bone, pemerintah mendirikan Kantor Departemen Agama pada tahun 1971. Kantor ini berlokasi di Jl. Sungai Kapuas, Kelurahan Bukaka, Kecamatan Tanete Riattang, dengan Dr. KH. Buaeti Abbas sebagai Kepala Kantor pertama yang menjabat hingga tahun 1984.

Seiring dengan kebutuhan peningkatan tata kelola pemerintahan dan pelayanan kepada masyarakat, Kantor Departemen Agama Kabupaten Bone dipindahkan ke Jl. Ahmad Yani, Watampone, bersebelahan dengan Kantor Bupati Bone. Relokasi ini bertujuan untuk memperkuat koordinasi dan efektivitas pelayanan keagamaan di daerah.

Pada tanggal 28 Januari 2010, Departemen Agama secara resmi berubah nama menjadi Kementerian Agama, menandai era baru dalam penyelenggaraan tugas-tugas keagamaan di Indonesia, termasuk di Kabupaten Bone. Hingga kini, Kantor Kementerian Agama Kabupaten Bone terus berkomitmen untuk memberikan pelayanan terbaik di bidang keagamaan bagi masyarakat setempat serta kaitannya dengan Program Delapan Asta Cita Kanwil Kementerian Agama Provinsi Sulawesi Selatan.